输入输出
交互式输入输出
在很多时候,你会想要让你的程序与用户(可能是你自己)交互。你会从用户那里得到输入,然后打印一些结果。我们可以分别使用raw_input和print语句来完成这些功能。
a = raw_input("Please input a string\n> ")
print "The string you typed in is: ", a
Please input a string > a The string you typed in is: a
print "这是一个保留例子,仅供玩耍\n"
lucky_num = 5
c = 0
while True:
b = int(raw_input("Please input a number to check if you are \
lucky enough to guess right: \n"))
if b == lucky_num:
print "\nYour are so smart!!! ^_^ ^_^"
#----------------------------------------------------
#--------------------------------------------------------
else:
print "\nSorry, but you are not right. %>_<%"
while 1:
c = raw_input("Do you want to try again? [Y/N] \n")
if c == 'Y':
try_again = 1
break
elif c == 'N':
try_again = 0
break
else:
print "I can not understand you, please check your input. \n"
continue
#----------------------------------------------------
if try_again:
print "\nHere comes another run. Enjoy!\n"
continue
else:
print "\nBye-bye\n"
break
这是一个保留例子,仅供玩耍 Please input a number to check if you are lucky enough to guess right: 5 Your are so smart!!! ^_^ ^_^ Please input a number to check if you are lucky enough to guess right: 7 Sorry, but you are not right. %>_<% Do you want to try again? [Y/N] Y Here comes another run. Enjoy! Please input a number to check if you are lucky enough to guess right: 8 Sorry, but you are not right. %>_<% Do you want to try again? [Y/N] N Bye-bye
文件读写
文件读写是最常见的输入和输出操作。你可以实用file
或open
来实现。
print "新建一个文件"
context = '''The best way to learn python contains two steps:
1. Rember basic things mentionded here masterly.
2. Practise with real demands.
'''
print "以写入模式(w)打开一个文件并命名为(Test_file.txt)"
fh = open("Test_file.txt","w")
print >>fh, context
#fh.write(context)
fh.close() #文件操作完成后必须关闭文件句柄
新建一个文件 以写入模式(w)打开一个文件并命名为(Test_file.txt)
print "以只读模式(r)读入一个名为(Test_file.txt)的文件"
print
for line in open("Test_file.txt"):
print line
以只读模式(r)读入一个名为(Test_file.txt)的文件 The best way to learn python contains two steps: 1. Rember basic things mentionded here masterly. 2. Practise with real demands.
print '''避免中间空行的输出。
从文件中读取的每一行都带有一个换行符,
而Python的print默认会在输出结束时加上换行符,
因此打印一行会空出一行。为了解决这个问题,有下面两套方案。'''
print "在print语句后加上逗号(,)可以阻止Python对每次输出自动添加的换行符"
print
for line in open("Test_file.txt"):
print line,
print
print "去掉每行自身的换行符"
for line in open("Test_file.txt"):
print line.strip()
避免中间空行的输出。 从文件中读取的每一行都带有一个换行符, 而Python的print默认会在输出结束时加上换行符, 因此打印一行会空出一行。为了解决这个问题,有下面两套方案。 在print语句后加上逗号(,)可以阻止Python对每次输出自动添加的换行符 The best way to learn python contains two steps: 1. Rember basic things mentionded here masterly. 2. Practise with real demands. 去掉每行自身的换行符 The best way to learn python contains two steps: 1. Rember basic things mentionded here masterly. 2. Practise with real demands.
实战练习(一)
背景知识
1. FASTA文件格式
>seq_name_1
sequence1
>seq_name_2
sequence2
2. FASTQ文件格式
@HWI-ST1223:80:D1FMTACXX:2:1101:1243:2213 1:N:0:AGTCAA
TCTGTGTAGCCNTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCATGCA
+
BCCFFFFFFHH#4AFHIJJJJJJJJJJJJJJJJJIJIJJJJJGHIJJJJJJJJJ
作业 (一)
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给定FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa),写一个程序
cat.py
读入文件,并输出到屏幕-
open(file)
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for .. in loop
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print
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the amazng , or strip() function
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用到的知识点
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给定FASTQ格式的文件(test1.fq), 写一个程序
cat.py
读入文件,并输出到屏幕-
同上
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用到的知识点
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写程序
splitName.py
, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字,输出到屏幕-
split
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字符串的索引
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用到的知识点
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输出格式为:
>NM_001011874 gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctg.......
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写程序
formatFasta.py
, 读入test2.fa,把每条FASTA序列连成一行然后输出-
join
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strip
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用到的知识点
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输出格式为:
>NM_001011874 gcggcggcgggc......TCCGCTG......GCGTTCACC......CGGGGTCCGGAG
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写程序
formatFasta-2.py
, 读入test2.fa,把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列-
字符串切片操作
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range
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用到的知识点
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输出格式为
>NM_001011874 gcggcggcgc.(60个字母).TCCGCTGACG #(每行80个字母) acgtgctacg.(60个字母).GCGTTCACCC ACGTACGATG(最后一行可不足80个字母)
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写程序
sortFasta.py
, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字,排序后输出-
sort
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dict
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aDict[key] = []
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aDict[key].append(value)
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用到的知识点
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提取给定名字的序列
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用到的知识点
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print >>fh, or fh.write()
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取模运算,4 % 2 == 0
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写程序
grepFasta.py
, 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列,并输出到屏幕。 -
写程序
grepFastq.py
, 提取fastq.name中名字对应的test1.fq的序列,并输出到文件。
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写程序
screenResult.py
, 筛选test.expr中foldChange大于2的基因并且padj小于0.05的基,可以输出整行或只输出基因名字-
逻辑与操作符 and
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文件中读取的内容都为字符串,需要用int转换为整数,float转换为浮点数
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用到的知识点
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写程序
transferMultipleColumToMatrix.py
将文件(multipleColExpr.txt)中基因在多个组织中的表达数据转换为矩阵形式-
aDict[‘key’] = {}
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aDict[‘key’][‘key2’] = value
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if key not in aDict
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aDict = {‘ENSG00000000003’: {“A-431”: 21.3, “A-549”, 32.5,…},”ENSG00000000003”:{},}
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用到的知识点
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输入格式(只需要前3列就可以)
Gene Sample Value Unit Abundance ENSG00000000003 A-431 21.3 FPKM Medium ENSG00000000003 A-549 32.5 FPKM Medium ENSG00000000003 AN3-CA 38.2 FPKM Medium ENSG00000000003 BEWO 31.4 FPKM Medium ENSG00000000003 CACO-2 63.9 FPKM High ENSG00000000005 A-431 0.0 FPKM Not detected ENSG00000000005 A-549 0.0 FPKM Not detected ENSG00000000005 AN3-CA 0.0 FPKM Not detected ENSG00000000005 BEWO 0.0 FPKM Not detected ENSG00000000005 CACO-2 0.0 FPKM Not detected
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输出格式
Name A-431 A-549 AN3-CA BEWO CACO-2 ENSG00000000460 25.2 14.2 10.6 24.4 14.2 ENSG00000000938 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 ENSG00000001084 19.1 155.1 24.4 12.6 23.5 ENSG00000000457 2.8 3.4 3.8 5.8 2.9
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写程序
reverseComplementary.py
计算序列ACGTACGTACGTCACGTCAGCTAGAC
的反向互补序列-
reverse
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list(seq)
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用到的知识点
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写程序
collapsemiRNAreads.py
转换smRNA-Seq的测序数据-
输入文件格式(mir.collapse, tab-分割的两列文件,第一列为序列,第二列为序列被测到的次数)
ID_REF VALUE ACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGC 2 ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATA 25 TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTT 100 TCCTACGAGTTGCATGGATTC 4
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输出文件格式 (mir.collapse.fa, 名字的前3个字母为样品的特异标示,中间的数字表示第几条序列,是序列名字的唯一标示,第三部分是x加每个reads被测到的次数。三部分用下划线连起来作为fasta序列的名字。)
>ESB_1_x2 ACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGC >ESB_2_x25 ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATA >ESB_3_x100 TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTT >ESB_4_x4 TCCTACGAGTTGCATGGATTC
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简化的短序列匹配程序 (map.py) 把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置
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find
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用到的知识点
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输出格式 (输出格式为bed格式,第一列为匹配到的染色体,第二列和第三列为匹配到染色体序列的起始终止位置(位置标记以0为起始,代表第一个位置;终止位置不包含在内,第一个例子中所示序列的位置是(199,208](前闭后开,实际是chr1染色体第199-206的序列,0起始). 第4列为短序列自身的序列.)。
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附加要求:可以只匹配到给定的模板链,也可以考虑匹配到模板链的互补链。这时第5列可以为短序列的名字,第六列为链的信息,匹配到模板链为’+’,匹配到互补链为’-‘。注意匹配到互补链时起始位置也是从模板链的5’端算起的。
chr1 199 208 TGGCGTTCA chr1 207 216 ACCCCGCTG chr2 63 70 AAATTGC chr3 0 7 AATAAAT
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备注:
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每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点,请综合考虑。此外,对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着,而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。
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每个程序对于你身边会写的人来说都很简单,因此你一定要克制住,独立去把答案做出,多看错误提示,多比对程序输出结果和预期结果的差异。
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学习锻炼“读程序”,即对着文件模拟整个的读入、处理过程来发现可能的逻辑问题。
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程序运行没有错误不代表你写的程序完成了你的需求,你要去查验输出结果是不是你想要的。
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关于程序调试
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在初写程序时,可能会出现各种各样的错误,常见的有缩进不一致,变量名字拼写错误,丢失冒号,文件名未加引号等,这时要根据错误提示查看错误类型是什么,出错的是哪一行来定位错误。当然,有的时候报错的行自身不一定有错,可能是其前面或后面的行出现了错误。
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用脑袋运行程序:当程序写作完成后,自己尝试对着数据文件,一行一行的执行程序,来看程序的运行是否与自己想干的活一致,有没有纰漏。
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当结果不符合预期时,要学会使用print来查看每步的操作是否正确,比如我读入了字典,我就打印下字典,看看读入的是不是我想要的,是否含有不该存在的字符;或者在每个判断句、函数调入的情况下打印个字符,来跟踪程序的运行轨迹。
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